流程说明：
- 申请：杰出工程奖的申请工作采取推荐方式，申请和推荐工作全部在科基会网站杰出工程奖评选平台上完成。申请人首先需获得本领域的有推荐资格行业协会、学会、高校（简称单位推荐）或两院院士及历届“杰出工程师奖”（简称个人推荐）获得者推荐认可，然后在科基会网站杰出工程奖评选平台上完成申报材料填写并提交推荐单位（人），单位推荐的申报材料需经过推荐单位组织专家筛选并根据推荐名额最终确定推荐名单，然后在系统上提交申报材料和推荐意见。个人推荐的申报材料须由两位院士或“杰工奖”获奖人推荐，然后在系统上提交申报材料和推荐意见。同时申报材料和推荐意见需打印2份纸质材料，由推荐单位（或申请人）邮寄至科基会。
- 形式审查：申请人和推荐单位（人）在系统上提交申报材料和推荐意后，科基会首先进行形式审查，审查工作由科基会科技公益奖励部负责。审查内容主要包括：申请者年龄，申请者是否是一线工程技术人员，是否在申请时仍主要围绕工程技术领域开展工作、申报材料的完整性等。
- 专家初评：专家初评分为两个阶段。第一阶段：报材料在杰出工程师奖评选网络平台系统上进行分组、确定评审专家和专家组长，然后将申报材料在平台系统上推送给各专业领域组专家，各技术领域专家在工程师奖评选网络平台系统上独立评审；第二阶段：召开各专业领域组的专家评审会，完善各位专家评审意见，形成领域组专家评审意见，并通过投票方式，产生初评候选人，初评候选人为终评人数的120%。
- 评审委员会终评：由各领域组专家组长（全部是院士）组成杰出工程师奖评审委员会，通过召开杰工奖评审委员会议（终评），对初评结果进行审查和综合平衡，最终以投票方式评选出本届杰出工程师奖终评获奖人员名单。
- 公示：终评获奖候选人的申报信息须在奖励委员会会议召开之前进行公示。公示方法是，申报材料的综述部分和推荐材料在中华国际科学交流基金会网站和有关媒体上公布，同时候选人的所有申报材料和推荐材料在其所在单位进行公示。公示期两周，公示结束后，候选人所在单位要向科基会科技公益奖励部正式报公示情况函，公示无异议者方可进入后面环节。
- 奖励委员会审定：杰出工程师奖终评获奖人员名单通过公示无异议者，要经过奖励委员会的审定，奖励委员会由有关部委领导、知名科技专家、科基会理事会领导以及杰出工程师奖资金捐赠人等组成，是杰出工程师奖的最高决策机构。杰出工程师奖奖励委员会的审定工作通过会议形式完成。
- 颁奖典礼：为了提高杰出工程师奖的公信力和影响力，更大程度地提升“杰出工程师奖”的公益效果，杰出工程师奖颁奖活动都组织的隆重热烈。
第一届杰出工程师奖颁典礼由中华国际科学交流基金会和中央电视台科教频道联合举办，典礼于2014年10月16日在中央电视台1号演播大厅隆重举行。来自获奖人单位、推荐单位、部分高校学生共400余人参加了大会，中华国际科学交流基金会理事长、全国人大教科文卫委员会原主任委员白克明；全国政协社会和法制委员会副主任王巨禄；中国工程院副院长干勇等领导出席典礼并颁奖。
第二届杰出工程师奖颁奖典礼由中华国际科学交流基金会和中国教育电视台联合举办，典礼于2017年1月6日在人民大会堂大礼堂隆重举行，共有5000余人参加了盛会，见证并分享了所有获奖者的喜悦与荣耀。中华国际科学交流基金会理事长、全国人大教科文卫委员会原主任委员白克明、中国工程院副院长干勇等领导出席典礼并颁奖。
第三届杰出工程师奖的颁奖典礼由中华国际科学交流基金会、江苏省苏州市政府和中国教育电视台联合举办，于2019年1月13日在人民大会堂大礼堂隆重举行。全国政协原副主席、中华国际科学交流基金会名誉理事长白立忱；全国人大教科文卫委员会原主任委员、中华国际科学交流基金会名誉理事长白克明、苏州市政府等有关领导出席典礼并颁奖，共有5000余人参加了盛会。